Озеро Маныч-Гудило — царство птиц. Большую роль в этом играет само расположение озера. Оно лежит на одной из важнейших в Евразии миграционных трасс птиц и является важным центром их гнездования. В центре озера есть островок «Птичий». Ежегодно здесь скапливаются бесчисленные стаи редких видов пернатых: белолобый гусь, краснозобая казарка, пискулька, серый гусь, розовый пеликан, черноголовый хохотун, серебристая чайка, морской голубок, шилоклювка, ходулочник, малая белая цапля. Поэтому для сохранения уникального биологического разнообразия озера созданы заповедники «Ростовский» (в 1995 г.) и «Черные земли» (в 1996 г.). Водно-болотные угодья заповедников внесены в перечень объектов международной Рамсарской конвенции (об охране водно-болотных угодий). В 2010 г. на части озера и прилегающих территориях в границах Ставропольского края образован заказник краевого значения «Маныч-Гудило».